癸卯年(一九六三)大师经过四年之久,讲完一部楞严经之后,又应四众之请,在中华佛教图书馆讲金刚经,每周讲一次。夏历五月初十,金刚经讲到第十七分,究竟无我,便停讲了。这时大师感到身体疲惫、气弱、胃呆、饮食减少。但无其他痛苦,每日对来探望的人,仍是谈笑自如,风趣横生。

　　俟请名西医来检查证明,据说:‘五脏很好,什么病都没有,有之,即是‘老病\’,人老了,心脏机能减退,已不敢再予用针药。’

　　六月十六日,大师命由九龙图书馆回荃湾弘法精舍,准备后事,尝对大众说:

　　‘人生如做戏,活著如是,死亦如是,现在我的戏演完了,该要煞戏了。’有时弟子等劝以服药医治,大师曰:‘药能治病,而不能治命,人命以“无常”为定律,无常到来,谁也脱不过。我自己的生死,自己做得主,知道自己的去处。’并对门人等诸多咐嘱,勉各自重。(详见湛山倓虚大师示寂记——大光记)

　　夏历六月廿二日下午二时,大师很清醒的摸了摸自己的脉搏说:‘脉已乱了,请你们把我扶起来,结跏趺坐,我要走了,’说著大师把腿盘起来,手结弥陀印,在大众说法及念佛声中,闭目观心,很安祥的走了。这时门弟子们忽然省起,大师为什么金刚经讲到第十七分便停讲,原来是预示‘究竟无我\’,要入涅槃了。

　　六月廿三日,门人等在弘法精舍为大师启建念佛七七四十九日,圆满日荼毗,由筏可上座举火,白云缥缈,香闻数里,是日参加仪式者数千人,香港政府华民政务司,特送花圈致意,开百余年来港府向僧人致祭之先例,俟捡拾灵骨获舍利数千粒,骨花五大盘,光耀五色,灿烂晶莹,灵骨安藏于九龙西贡山麓大澳门,湛山寺塔院内,舍利分由各方迎请建塔供养。